第二阶段,与中央政府摩擦时期(1659年——1669年),以阿济萨行剌案为起始转折点。1659年(顺治十六年五月),外藩察哈尔旗内发生一起刑事案件,和硕亲王阿布鼐及其旗下官员审理失当,受到清廷严厉处罚,这一事件及其以后接连发生的事情,直接导致了察哈尔旗的覆灭。《清世祖实录》记载:“理藩院议,察哈尔国固伦额驸亲王阿布鼐,因部人阿济萨持刀行剌,不遵例知会掌扎萨克别旗王、贝勒等,擅自处斩,应削亲王爵,罚马一千匹。审阿济萨案之固山额真阿克喇瑚、噶尔玛色稜擅将阿济萨父母及伊弟伊妻不启请本王,竟行处斩,俱应弃市,籍没家产。其噶尔玛色稜所袭拖沙喇哈番,令其别支子弟承袭。同审之萨马克坦、绰瑚、席达、晋荩、博尔波、他珥、塞冷等俱应籍没家产。议上,得旨,阿布鼐从宽免削亲王爵,罚马一千匹,阿克喇瑚、噶尔玛色稜从宽免死,并萨马克坦、绰瑚、席达、晋荩、博尔波、他珥、塞冷等俱籍没,余依议。”[4]这一处罚激怒了年轻气盛的阿布鼐亲王,作为蒙古大汗后裔的阿布鼐自命不凡,因此对中央政府怀恨在心,负气不再朝觐。康熙皇帝即位以后,阿布鼐仍不来朝,清廷对其藐视中央政府的行径一再隐忍。
第三阶段,走向军事反清并被中央政府削藩时期(1669年——1675年),以阿布鼐亲王被囚禁为起始转折点。康熙八年(1669年)二月,清圣祖命理藩院查处阿布鼐亲王。《清圣祖实录》记载:“礼部请封外藩蒙古诸王妃。得旨,察哈尔阿布奈亲王之妻(注:固伦公主于康熙二年病故,此应为阿布鼐亲王之蒙古妻子)著停封,余如议。阿布奈系出征所获之人,乃尚以固伦大长公主,命为亲王,恩遇优渥,较之在内诸王及外蒙古诸王,止有太过,并无不及。乃在外诸王、贝勒等,每年俱来问安,年节来朝。阿布奈竟忘恩养,八年以来不一朝请,(朕)且每年遣人存问公主所生之子,颁给恩赐,阿布奈犹不亲身一问太皇太后及朕躬安。公主所生幼子(指罗不藏),阿布奈理应抚养,乃交与已分家之长子(指布尔尼),更属何心。此等情节著理藩院严查议奏。”[5]五月戊申(16日),康熙皇帝又设计逮捕了跋扈的辅政大臣鳌拜,并治其罪,随即惩办藐视朝廷的外藩察哈尔,这是康熙亲政,树立威信的重要举措,阿布鼐再次受到严惩。五月己未(27日)“理藩院遵谕议覆:阿布奈无藩臣礼,大不敬,应论死。革去王爵,不准承袭。得旨,阿布奈理应依议处死,但向经恩遇,姑从宽免死,著革去亲王,严禁盛京。”[6]九月,清廷拘捕阿布鼐亲王并将其囚禁于盛京之后,命其长子布尔尼袭和硕亲王爵位,并成为外藩察哈尔第三任扎萨克(旗长)。袭父爵的布尔尼亲王恢复了正常朝觐,但无论是亲王还是其属下官员均表面顺从,内怀怨恨,这就为以后的军事反清埋下了隐患。
1673年(康熙十二年)三藩叛乱,满清军队倾巢出动前往南方六省平叛,京畿空虚。康熙十四年(1675年)四月,年轻气盛的布尔尼亲王乘吴三桂叛乱,欲从盛京劫其父阿布鼐反清,被从嫁公主长史(官职,即秘书)辛柱告发。清廷派遣抚远大将军多罗信郡王鄂札、副将军图海率家奴数万前往镇压。布尔尼叛乱前曾遣人联络邻近的土默特、奈曼、喀喇沁等外藩蒙古部落同叛,但是,只有奈曼达尔罕郡王札木山和附属察哈尔的喀尔喀辅国公垂札布响应。其他各旗或奏报其反谋,或出兵协剿,布尔尼势单力孤,很快被清军击败。达禄一役,清军击败察哈尔兵,都统晋津率其族降于阵前,余部溃逃。清军追至瓦子府东三十里处,布尔尼亲王麾下五个佐领率兵三百余名投降。布尔尼及其弟罗不藏兵败逃走,途遇科尔沁亲王沙津前来会剿,劝降不从,沙津率兵追杀布尔尼和罗不藏,将布尔尼兄弟射杀。平叛之后,清廷严惩布尔尼的亲信及属下官员,策动并追随布尔尼兄弟叛乱的十四名外藩察哈尔大臣,除六人战死,三人失踪外,余五人悉于军前正法,其叛人妻孥赏给有功官兵。清廷对阿布鼐亦严厉处置,处绞了禁闭盛京的阿布鼐,其妻没入官,阿布鼐幼子及布尔尼和罗不藏之子,“并于军前正法”。布尔尼妻原系满族安亲王博洛之女,归其父安亲王,罗不藏妻因其兄额驸沙津平叛有功,交与沙津,其女悉没入官。其属民一部分归入满洲八旗充军、另一部分投靠外藩蒙古各旗。九月,清廷特遣理藩院侍郎博罗特等将来降的察哈尔旗逃散人口暂时安插于义州、锦州等处,后被分别迁徙今河北宣化与山西大同附近,分散编入八旗满洲和蒙古佐领之内服兵役,彻底取消了原来的旗、佐组织。止此,外藩察哈尔的蒙古汗裔嗣遂绝,旗亦被削,标志着北元政权及其余部的彻底覆灭。