拿破仑此时已经放弃了一切侵英的意图,可是对这个&ldo;可怜的&rdo;的维伦纽夫----这是拿破仑给他的评语----却另外指定了一个新的&ldo;送终&rdo;计划。他从圣克劳德给维伦纽夫发出如下命令:
&ldo;我决定把集中在卡迪兹港中的我方海军力量,投入地中海方面,作为一个强大的牵制。你应该明了我方的意图,立即寻找机会率领联合舰队,向该海域进发。首先去卡塔赫纳与在该港中的西班牙支队会合,再向纳普尔斯进发,并在某个海岸上让你船上所搭载的陆军登陆,以便与圣西尔将军所指挥的部队会合。依照你自己的判断,如果认为有必要,你所指挥的舰队可以尽可能留在纳普尔斯海岸,以给敌人造成最大的损害,并拦截意图派往马耳他岛的船团。在这个远征行动之后,舰队就可以驶入土伦,以便整理和修补。我们的意图是这样的:无论在何处,如果遇到一个处于劣势的敌人,你都应该毫不犹豫的进行攻击,获得一个决定性的胜利。这次作战的成败,就要看你是否能够立即离开卡迪兹出发。&rdo;
两天之后,拿破仑又命令狄克里斯撤换维伦纽夫,而代之以罗西尼。因为考虑到不愿意刺激维伦纽夫,狄克里斯却没有立即通知他。10月10日,罗西尼到达罗德里戈。
10月1日,维伦纽夫开始作最后的准备,预定在10月7日出海,可是风向突然转变,迫使他在港口中停留了十天。10月8日,他召开作战会议,向他的舰长们解释他对未来的会战的战术观念。他主张把这个33艘战舰的舰队,分为两个集团:(一)战斗集团,共21艘船,由他自己指挥。(二)预备集团,共12艘船,由格拉维拉将军指挥,应位置在前者的上风方向。(注:到10月16日,最后的战斗序列都已完全决定。战斗集团又分为三个支队,每队七艘船。前卫为第二支队,由阿拉发中将指挥,旗舰为&ldo;圣安娜&rdo;号。第一支队为中央部分,由维伦纽夫亲自指挥,旗舰为&ldo;布森陶尔&rdo;。第三支队为后卫,由杜马罗尔少将指挥,旗舰为&ldo;杜古陶因&rdo;号。预备集团,由格拉维拉指挥,旗舰为&ldo;奥地利亲王&rdo;。)
接着,维伦纽夫又推测敌人所可能采取的战术,可以说非常准确。他说:&ldo;英国舰队不会构成一个与联合舰队平行的战线。纳尔逊会企图切断我方的战线,包围我方的后卫,然后集中力量来打击可以孤立和切断的船只,越多越好。&rdo;至于究竟应该怎样应付这样的攻击,他却并无高见,很显然,他知道他的舰长们只能采取鱼贯而行的方式。他所补充说明的只有两点:如果联合舰队占了上风,则应该追击敌人,然后一船对一船的作战。如果在下风,虽应排成一个紧接着的战线,等候攻击,而每个舰长也应各自为战。依照拿破仑的命令,法西两国的船只是采取混合编组的。他们中间有一艘&ldo;四层甲板&rdo;的船&ldo;三叉戟&rdo;号,一共有131门火炮,是当时最大的船只;三艘&ldo;三层甲板&rdo;的船,两艘为112门火炮,一艘为100门火炮;一艘64门火炮的船只;七艘巡洋舰和中型巡洋舰。战舰中有18艘法国的,15艘西班牙的。所装有的&ldo;侧舷&rdo;火炮共为2,626门,短炮除外。
搭载的官兵总数为21,580人。所搭载的陆军是由卡迪兹守备部队中抽调出来的,其中有&ldo;非洲&rdo;团和索里亚团,都是过去曾参加过西班牙无畏舰队的部队。英国舰队本应有33艘战舰,但当纳尔逊接管指挥权不久之后,路易少校所率领的支队,共有战舰六艘,奉命去保护一个驶向马耳他的运输船团,所以纳尔逊手中只剩下27艘战舰。在这些船只当中,七艘是&ldo;三层甲板&rdo;的,三艘100门炮,四艘98门炮。二十艘为&ldo;两层甲板&rdo;的,一艘80门炮,十六艘74门炮和三艘64门炮。此外他还有四艘巡洋舰,一艘双帆二桅船,一艘单桅快船。全部官兵16,820人。除了短炮以外,一共有&ldo;侧舷&rdo;火炮2,148门。
因为路易的支队不在,纳尔逊改变了原有观念,不再把舰队分成三线,而代之以两个纵队:(一)前卫或上风纵队,共有船十二艘,由他自己指挥,旗舰为&ldo;胜利&rdo;号;(二)后卫或下风纵队,共有船十五艘,由科林伍德指挥,旗舰为&ldo;王权&rdo;号。这是他第一次改变了在&ldo;秘密备忘录&rdo;中的原有观念,以后还有其他的改变。这些改变曾引起了许多争论,但更足以说明纳尔逊在这一战中的心理变化。
他的目的是获得一个决定性的胜利,俘获或击沉敌方的二十艘战舰,因为他在临死时曾经说过:&ldo;我估计应该有二十艘。&rdo;正如秘密备忘录所说,旧式的平行战斗序列通常不具有决定意义,因为它们是如此迟缓,无法集中兵力打击敌人的弱点。他认为那好比是用两个&ldo;单臂&rdo;来搏斗的拳师在互相格斗,而他所希望的却是能同时用&ldo;双臂&rdo;来搏斗。他的舰队可以同时向左右两方打击。上风纵队保护右面,而下风纵队则打击在敌人的后部。他为什么要选择敌人的后卫来当作打击目标,面不选择前卫呢?因为要支援其后卫,敌人的前卫必须调过头来,所以需要很长时间;反之若是打击前卫,则敌人的后卫只要继续照原有方向前进,而不必调过头来。
为了使他的打击具有极大的动量,他并不严格遵守传统的横线或直线的战术。反之,他却代以两个船团,只是依次航行而已。关于这一点是毫无疑问的,因为当他在默顿向凯茨将军解释他的战术时,他曾经这样说:&ldo;这样会立即引起一场混战,这也正是我所希望的。&rdo;在特拉法尔加之战两个月后,科林伍德所写的一封信也可以作证,他说:&ldo;纳尔逊决定用两个独立的集团来代替一个严整的攻击序列。它的执行非常良好,所以获得了优异的成功;或许它的新奇性对于我们极为有利,因为敌人料想我们一定会形成一个好像一条线的东西。&rdo;这也正是纳尔逊所早已预料得到的,因为在默顿讨论战术时,他曾经突然转向凯茨说:&ldo;但是我要告诉你我所想的是什么。我认为它可以突袭敌人,使他不知所措。他们不知道我要做什么。&rdo;突然袭击加上集中兵力,另外再加上优越的炮术。